Pada Januari 1950, Baker J. Cauthen,  yang merupakan seorang sekretaris dari the Foreign Mission Board’s bagian timur melakukan penelitian mengenai pelayanan di Indonesia. 

Melalui penelitian dan hasil diskusi dengan para pemimpin Kristen China di Jawa, Baker J. Cauthen menyatakan bahwa ada jutaan orang Indonesia yang memerlukan injil. Namun sayangnya, hanya ada 150 utusan injil yang bekerja di Indonesia sementara utusan injil Baptis belum ada sama sekali. 

Akhirnya, pada hari Natal tahun 1951, 3 orang utusan injil dari Southern Baptist Convention (SBC) mendarat di bandara kemayoran sebagai perintis pelayanan SBC di Indonesia. Mereka adalah William Buren Johnson, Stockwell Sears, dan Charles Cowherd. 

Mereka menulis motto,

“They had been sent, but now invited, They had come, not to fly a foreign flag, but to share a sure salvation, not to exploit people, but to explain path of peace, not to claim an island kingdom, but to proclaim the eternal kingdom of God”

Pada 14 Januari 1953, William Buren Johnson bersama istrinya memulai pelayanannya di Jakarta. Dimulai dengan pendalaman Alkitab, pelayanan ini berhasil membentuk kelompok hingga 25 orang. Mereka inilah cikal bakal Gereja Baptis Indonesia Kalvari

Kemudian di akhir April 1953, Pdt. Ais Pormes mengundang utusan injil baptis untuk hadir dalam kebaktian di rumahnya. Kedua kelompok ini akhirnya sepakat untuk bergabung dan memulai sebuah gereja baptis 

Pada saat itu, sebuah rumah tua di Jln. Gunung Sahari VI No. 36 dibeli dan dipugar dengan pertolongan Bpk. Yo Tjoen Liang (Bpk Darmadi). Karena masih dalam proses pembangunan, kebaktian bersama diadakan di rumah Pdt. Buren Johnson, tepatnya pada 3 Mei 1953. Enam bulan kemudian, tepatnya 15 Oktober 1953, barulah diadakan kebaktian perdana dan peresmian.

Pelayanan kelompok Baptis di Jln. Gunung Sahari 6 No. 36 ini terus berkembang bahkan mengalami kemajuan yang pesat. Beberapa utusan injil datang untuk membantu pelayanan kelompok ini, diantaranya, Nona Grace Wells pada Juni 1953, Bpk Tan pada November 1953, dan Evelyn Schwartz pada April 1954.

Selain itu, kelompok kaum muda juga memulai sekolah minggu di 3 tempat yang dihadiri kurang lebih 400 murid. Persekutuan pemuda-pemudi baptis ini dimulai pada Oktober 1954. Perkembangan yang pesat ini terus mendorong semangat para anggota kelompok untuk menjadi gereja yang mandiri.

Maka pada tanggal 1 Mei 1955, kelompok ini secara resmi dirintis menjadi GEREJA BAPTIS INDONESIA KALVARI.